Прекрасните условия на живот в Скринското дефиле край р. Струма са причина местата около кюстендилското село Пастух да бъдат населявани от дълбока древност. Предполага се, че едни от първите обитатели на областта (горното течение на Струма, между планините Витоша и Осогово) са от тракийското племе дентелети. Най-ранното сведение за тях се намира в съчинението „Филипика“ на старогръцкия историк Теопомп, което показва че към края на 40-те години на IV в. пр. Хр., племето е било съседно на агрианите, населяващи района около днешния Перник. На юг те граничели с племето меди, а на запад-югозапад с пеоните. Последните са с трако-илирийски произход и значително предшестват дентелетите. Не случайно те дават и името на областта Пиянец (пославянчено име на Пеония). До къде се е простирал ареала на пеоните на север, не може да се каже дори приблизително. Дали са достигали до р. Струма или още по-насевер? - този въпрос оства все още отворен за науката. Известно е, че те са завладявани от перси, македонци, траки, а накрая – от римляните. През IV в. пр. Хр. Пеония вечe е доминирана от тракийското племе дентелети и се влива в тракийската културна среда. Малки останки от пеони, успели да се съхранят след тракизацията, по-късно биват окончателно погълнати от елинизма.

 След като през 168 г. пр. Хр. Рим завладява по-голяма част от Балканския полуостров, а около 148 г. пр. Хр. потушава въстанието на македони, пеони и илири, Пеония става част от римска провинция Македония. Около І в. пр. Хр. пеонците са асимилирани и Пеония се превръща само в географско наименование.

 Без да има категорични доказателства, самата непосредствена близост на днешното село Пастух до областта Пиянец, предполага неговото землище да е било населявани и от древните славни пеони.

 Според античните автори от началото на II до края на I пр. Хр. дентелетите са в съюзни отношения с римляните и техните управители на провинция Македония. На тяхно име римляните през І-II век наричат цялата днешна Кюстендилска област - стратегия Дантелетика (Danteletike), намираща се в най-западната част от провинция Тракия. Нейни главни градове са: Пауталия (дн. Кюстендил), Германея (дн. Сапарева баня) и Скаптопара (дн. Благоевград).

 В землището на село Пастух, в местността „Попова череша“, има останки от късноантично селище (IV-VI в.), което дава основание да се предположи, че то е било предшествано от по-ранно, тракийско селище (или пеонско). По разкази на местни жители на неговата територия са били откривани погребения с огромни човешки скелети, които за жалост не са проучени от специалисти.  Може би те са принадлежали на представители от войнственото племе пеони, които според Омир участват заедно с балканските и малоазийските траки на страната на Троя?

 През IV в., след като римската власт отслабва, долината на Струма заедно с целия Балкански полуостров влиза в границите на Източната римска империя (Византия). След официализирането на християнството в империята (началото на IV в.) земите по горното течение на Струма влизат в западната църковно-административна единица Илирик, които се управляват от папата,  а след 732 г. минават под ведомството на Константинополската патриаршия. По време на византийския император Юстиниан Велики (526-565 г.) западната и югозападната част на полуострова (включително Кюстендилско) влизат в основаната от него архиепископия Първа Юстиниана, която просъществува до началото на VII в.

През V-VI в. Византия е подложена на опустошителни нашествия от славяните, които масово се заселват в земите на юг от Дунава. Тогава по средното и долно течение на Струма, а вероятно и в Пастушко, се заселват славяни от племето струмяни.

Районът на Горна Струма е включен в пределите на Първата българска държава при кан Крум (803-814 г.). След приемането на християнството Струмската област се превръща във важен културен и духовен център. В началото на Х в. в близост до Пастух, край село Скрино, е основан Руенският манастир, в който се замонашава  Свети Йоан Рилски. Днешното село Пастух е наследник на старо средновековно селище, за чието възникване няма запазени писмени сведения, но се смята, че то е едно от най-старите селища в Горнострумската област и Пиянец.

За първо писмено сведение за селището може да се приеме Грамотата на император Василий II Българоубиец относно правата на Охридската българска архиепископия от 1019 г., в която се споменавa Долна Сътеска (на старобългарски – Сѫтѣска). Според грамотата в Долна Сътеска, наред със Сътеска (Земен), Германия (Сапарева баня), Теример (неустановено), Стоб (дн. с. Стоб) и Разлог, има „клирици и парици„, подчинени на Велбъждския (Кюстендилския) епископ. При пътуването си из Пиянечко в 1883 г. изследователят-историк Константин Иречек пръв локализира този духовен център в близост до Пастух: „Мисля, че тук се е намирала покрайнината κάτω Σουντίασкος.... Насреща се белеят основите на старо градище [крепостта “Градището” над Пастух] със зидове от стара църквичка...”. Видният български учен Йордан Иванов дава по-широка територия за търсене на Долна Сътеска – от Кадин мост при с. Невестино до Бобошево.

Днес от духовното средище Долна Сътеска няма запазени храмове, които да свидетелстват за някогашното му величие. Може би, църкви от този период, които могат да се свържат с него, са една средновековна църква в местността „Заград“, известна като „Св. Георги“ и вероятно храм, върху който да е била изградена късносредновековната църква „Св. Богородица“ в крепостта, спомената от К. Иречек.

За участта на тукашното селище по време на византийското иго няма писмени сведения. За него напомнят единствено някои намерени из околността монети от византийски императори. Но има податки, че преди да бъдат освободени земите от горното течение на Струма (края на XII в.) местното българско население е било подложено на редица изпитания. В писмените извори от XII-XIV в. се среща името на града-крепост Житомитск, който в наше време се свързва със средновековното селище и крепост край Пастух. За първи път той се споменава в един недатиран летопис на сръбските царе, в който се описват събитията от Третия кръстоносен поход (1189-1191 г.): „.....и расипа Грькомь градь Срѣдъць и Петръник и Землънь и Велбоуждь и Житомискь и Скопль и Лешекь и Градаць и Призрень“ Според летописеца на похода Ансберт по време на този поход част от войските на германския император Фридрих Барбароса, които били предвождани от адвоката Фридрих Бергски, били изпратени от Адрианопол назад към Филипопол да приберат обоза, а също и да искат подкрепа от сърбите за евентуално нападение срещу Константинопол. Срещата може би се е състояла (вероятно при Траянови врата), макар да не е изрично отбелязана в изворите, и след това двете враждебни на византийците армии се отправили по две различни направления: сърбите, които вероятно вече са били опустошили Ниш и Средец се насочили към Велбъжд през Перник и Землън, а кръстоносците – към Германия (дн. Сапарева баня), Малешево и Македония, като минали през крепостта Градец, чиято локализация най-вероятно е при днешното дупнишко село Коркина. Сърбите не оказали кой знае каква подкрепа на Барбароса, дори напротив, възползвали се от слабостта на Византия и от разчистения от кръстоносците път, те станали по-агресивни и подложили на опустошение византийските крепости и градове от Средец до Сопие, в Горнострумската област и Македония. 

Както разкриват изворите, сърбите, водени от техния велик жупан Стефан Неманя, оплячкосали и разрушили и Житомиск, заедно с други крепостите в района, при което населението им било прогонено. Присъствието на рицарите кръстоносци в Скринския пролом е засвидетелствано и от местната топонимия. Очевидно от тях е останало името на местността „Латински цръквища“, намираща се източно от Пастух, недалеч от средновековната крепост. Земите по поречието на Струма стават отново част от българската държава при управлението на цар Калоян (1197-1207).

 Като се добави присъствието на селища от горното поречие на Струма и в Рилската грамота на цар Иван Шишман от 1378 г., то става ясно, че през втората половина на XIV в. Пастушко влиза в пределите на Търновското царство, до превземането на София от османлиите през 1382 г. След това областта е включена в пределите на васалното на Османската империя Велбъждско княжество (деспотство), чийто последен християнски владетел е Константин Драгаш (1378-1395 г.), син на деспот Деян и зет на българския цар Иван Александър. След като в 1373 г. деспотството става васално, то окончателно престава да съществува вероятно през 1427-1428 г., когато територията му е наследена от османската административна единица Кюстендилски санджак. Последен владетел на деспотството е Юсуф (вероятно доведен син на Константин, или пък приел исляма негов роден син с християнско име Стефан, също деспот). Може да се приеме, че окончателното падане на тукашните селища под турска власт е станало приблизително през посочения период.

 Тукашното средновековно селище продължава да съществува (или поне неговия приемник) и през османското робство. Сведения за него намираме в османските данъчни документи. В обширния тимарски опис за Кюстендилски санджак от 1570/73 г. то се среща под името Пасточ, принадлежащо към нахия Дупница. По това време в него живеят 67 християнски семейства, 37 неженени и 3 вдивици, което прави население от около 400 жители (едно средно голямо селище). От същия документ се разбира, че селото влиза в султански хас – мюлк (ленно владение), както и съседните села: Скрино, Вуково, Бобошево и др. Мюлкът е даден като частна собственост на Есмихан Султан, дъщеря на султан Селим II (1566-74) и жена на великия везир Мехмед паша - Соколлу. Населението в него се освобождава от плащането на някои данъци и повинности, а също така и от събирането на момчета за еничари. В тези селища се забранява и достъпът на държавни чиновници. Надарено с такива важни привилегии, населението на Пастух има въсможността да се развива сравнително свободно, както в стопанско, така и в културно отношение. Така пастушанци имат късмета да се ползват с по-голяма духовна свобода – строят християнски храмове и изучават четмо и писмо на български език, което спомага за запазването на християнската им вяра и българското им самосъзнание. Този факт е засвидетелстван от големия брой църкви, намиращи се в пастушанското землище, строени в периода на късното средновековие (XV – XVII в.).

 Има сведения и податки, че в селото и околностите му някога е имало 16 черкви, като за четири от тях се знае, че са късносредновековни:
  - "Св. Иван" – намира се вдясно от шосето Бобошево – Пастух, в местността „Долни манастир“. Днес е възстановена.
  - "Св. Троица" – в източната покрайнина на селото, на левия бряг на р. Струма. Тази черква е най-добре запазена спрямо другите.
  - "Света Богородица" - източно от селото, до крепостта "Градището". Намира се в много лошо състояние - полуразрушена.
  - "Св.  Димитрий" - в северната част на селото. От някогашната църква са останали само основите, до които днес има Света вода.

„Света Троица“ е късносредновековна българска православна църква в село Пастух, община Невестино, област Кюстендил.

 Църквата се намира в източната покрайнина на село Пастух, на левия бряг на река Струма. Еднокорабна и едноапсидна триконхална църква, с полуцилиндричен свод, вкопана на две стъпала в земята, с размери 7,50 Х 3,50 м. Построена е към XVI-XVII век. Изградена е от ломен камък на хоросанова спойка, а антите и надвходната ниша са от бигор. Цялата вътрешност е била изписана. От стенописите са останали фрагменти. Църквата е паметник на културата от местно значение.